下载与教程 — BioDownloader

官方安装包下载

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百度网盘镜像

官方云端镜像。国内网络环境直连下载首选，高速稳定。包体随版本同步更新。

百度网盘下载（最新版）提取码 m2vu

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GitHub 开源托管

官方开源发布通道。已集成 gh-proxy 国内镜像加速，科学上网加速，极速下载。

Win 镜像加速 Mac 镜像加速查看 Releases 发布历史

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服务器直连

macOS 客户端

标准 DMG 磁盘映像。支持 Apple Silicon (M1–M4) 及 Intel 芯片。

下载 Mac 安装包 (.dmg)

🪟

服务器直连

Windows 客户端

按用户安装，无需管理员权限。支持自选安装目录，并自动创建桌面与开始菜单快捷方式。

下载 Windows 安装版 (.exe)

🐧

统一功能版本 · Server + Web UI + CLI

Linux Server x86_64

Linux 与桌面端使用统一功能版本号，当前为 v2.0.41，但各平台可独立发布。内置兼容 Node、Axel 与 Mihomo，支持系统 PATH 或用户指定绝对路径，并支持 Web 持久免登录。

下载 Linux Server (.tar.gz) SHA-256 校验文件

安装教程

1

下载 DMG 安装包后双击打开

2

将 BioDownloader.app 拖入「应用程序」文件夹

3

从启动台或「应用程序」打开 BioDownloader，注册登录后即可使用

提示“已损坏，打不开”？

由于软件未向 Apple 申请官方付费签名证书，macOS 的 Gatekeeper 会拦截并提示。属于正常现象，请执行以下命令解除限制：

打开 Mac 自带「终端」(Terminal) 程序
复制并执行以下命令（输入开机密码回车即可）：

sudo xattr -cr /Applications/BioDownloader.app

1

下载 BioDownloader-Setup 安装程序，支持 64 位 Windows 10/11

2

双击安装，可选择目标目录；安装器会创建桌面和开始菜单快捷方式

3

以后从桌面快捷方式启动，更新会应用到固定安装目录

提示安全防护？

Microsoft Edge：打开右上角“下载”列表，在被拦截的文件右侧点击 …（更多操作） → 保留 → 显示详细信息 → 仍然保留。

Google Chrome：打开右上角“下载”列表或按 Ctrl+J，找到被拦截的文件，选择 下载可疑文件（Download suspicious file）；部分版本会显示 保留危险文件（Keep dangerous file）。仅在确认文件来自 BioDownloader 官方下载地址时操作。

Windows Defender / SmartScreen：双击运行后若弹出“Windows 已保护你的电脑”，点击 更多信息 → 仍要运行。

推荐使用 Web 管理页面。只需在服务器运行一次启动命令，后续即可在本地电脑的 Chrome 或 Edge 浏览器中像使用桌面软件一样可视化操作，无需记忆复杂命令行参数。

一、Web 浏览器可视化管理（首选推荐）

1

通过 Xshell、FinalShell、MobaXterm 或系统终端 SSH 登录 Linux 服务器，下载并解压：

tar -xzf BioDownloader-Linux-x64-2.0.41.tar.gz
cd BioDownloader-Linux-x64

2

启动服务（推荐使用 nohup 后台常驻，关闭终端也不会中断）：

# 推荐：后台常驻运行
nohup ./biodl start > biodl.log 2>&1 &

# 或者使用 tmux / screen：
tmux new -s biodl
./biodl start

3

启动后终端或 biodl.log 会打印访问地址。IP 是服务器地址，端口是冒号后的数字 43280：

单位局域网 / 个人机器：直接在电脑浏览器打开 http://内网IP:43280
阿里云 / 腾讯云等公网云服务器：在电脑浏览器打开 http://公网IP:43280。特别注意：必须在云控制台的安全组中添加规则，放行 TCP 43280 端口！

4

在本地电脑打开 Chrome 或 Edge 浏览器，把完整地址 http://IP:43280 粘贴到顶部地址栏回车即可。不要在 Xshell 的文件传输/SFTP 窗口中双击打开。

5

首次进入后登录 BioDownloader 账号，系统会自动在服务器当前用户目录 ~/.bio-downloader/ 下持久化凭证，以后打开页面无需反复重新登录。下载文件默认存入 ~/Downloads（可在设置中随时更改为数据盘）。

二、CLI 命令行模式（适用 HPC 集群 / Slurm 自动化脚本）

当需要在 Slurm 投递脚本、Shell 批处理或无图形浏览器的离线计算节点中运行时使用：

# 1. 账号登录（支持交互式输入密码，避免密码泄露到历史命令中）
./biodl login
# 或者使用从用户中心复制的专属 Token：
./biodl auth YOUR_TOKEN

# 2. 单项或批量高速下载（自动连通商业海外加速节点）
./biodl get sra SRR390728
./biodl get ebi ERR164407 --output /mnt/data/raw

# 3. 查询下载历史与物理落盘记录
./biodl status

CLI 模式下载前会自动检测并连通商业高速加速通道。若本地代理端口被阻断，终端会明确提示已降级为直连并输出排查指引。

三、Linux 常见问题排查

问题现象	排查与解决方案
浏览器提示无法连接或超时	1. 检查服务器防火墙：`sudo ufw allow 43280` 或 `sudo firewall-cmd --add-port=43280/tcp --permanent && sudo firewall-cmd --reload`； 2. 若是阿里云/腾讯云，务必在网页控制台的安全组规则中放行入方向 43280 端口。
提示端口被占用 (EADDRINUSE)	执行 `lsof -i :43280` 找到占用进程 PID 后结束，或启动时指定其他端口：`./biodl start -p 43281`。
老旧集群缺少 glibc 依赖	v2.0.41 内置 Node、Axel 均深度兼容 glibc 2.17+；若系统依然缺少库，可在页面「扩展插件」中直接填写 Conda 安装的 Axel / aria2 绝对路径（如 `~/miniconda3/bin/axel`）。
下载保存在哪里？如何换盘？	默认保存在启动服务的 Linux 用户的主目录 `~/Downloads`；在 Web 端左侧「设置」页面可直接输入大容量存储挂载路径（如 `/mnt/data/raw`）并保存。

零基础使用教程

不知道该选 SRA、ENA、EBI 还是 GEO 也没关系：先找到论文或数据库页面中的编号，再按下面的规则操作。

一、常见编号和文件格式

数据源	常见编号	下载结果	适合场景
BioProject	`PRJNA… / PRJEB… / PRJDB…`	先展开为多个 SRR/ERR/DRR	一次下载完整研究项目
SRA	`SRR / ERR / DRR / SRX / SRP`	`.sra` 归档文件	保留官方原始归档，之后自行转换
ENA / EBI	`SRR / ERR / DRR`	`.fastq.gz`	直接获得可用于分析的测序 FASTQ
GEO	`GSE…`	`RAW.tar`、矩阵或表格	表达谱、芯片和单细胞数据
直链	`https://…`	链接指向的原文件	已有明确文件下载地址

SRA 与 FASTQ 的区别：.sra 是 NCBI 归档格式；.fastq.gz 是压缩测序序列。多数分析优先使用 FASTQ，需要完整保留官方归档时再选 SRA。

二、本地下载软件怎么用

1

登录后进入下载中心，选择 BioProject、SRA、ENA/EBI、GEO 或直链。

2

粘贴编号并先查询或核验文件大小，确认文件数量、名称和预计流量。

3

选择保存目录并开始下载；进度、瞬时速度、失败原因和重试操作都在传输列表查看。

4

如果得到 .sra，可用 NCBI SRA Toolkit 的 fasterq-dump 转换为 FASTQ。

三、云下载怎么用

1

进入用户中心的云下载，或直接打开云下载独立页面。

2

BioProject 查询只展开 Run；随后明确选择校验 SRA 文件与大小或校验 EBI 文件与大小。

3

一次提交是一个父任务，每个文件是一个可单独重试的子任务。

4

在云传输列表查看进行中、已完成和失败任务；全部上传后，在父任务获取一个项目级百度网盘分享链接。

流量与空间：云下载按页面提示冻结并结算流量；单文件下载与上传上限均为 128GB。失败文件可单独重试，重新上传不会重复计算下载流量。

四、常见问题

编号不识别：检查字母和数字是否完整；常见小写编号会自动转成大写。
Project 没有结果：确认输入的是 PRJNA、PRJEB 或 PRJDB，而不是论文 PMID。
下载失败：先查看失败原因，再在传输列表单独重试文件，不必重建整个项目。
分享链接过期：在已完成任务中点击“重新获取”。
不确定选 SRA 还是 EBI：通常分析优先选 EBI FASTQ；需要官方归档时选 SRA。

五、下载故障排查与一键上传诊断日志（图文教程）

当遇到特定生信数据源频繁失败、网络节点报错或下载异常中断时，客户端内置了全自动诊断与云端日志上传功能，无需手动复制控制台文本即可一键提交给工程师协助排查。

1

开启日志记录：在客户端或 Web 界面左侧导航栏点击「设置」，向下滚动找到「📋 下载故障排查与诊断日志」模块，将开关切换为开启状态。

2

复现一次报错：返回「传输列表」，在失败任务右侧点击 🔄 立即重试，让软件在后台完整捕获本次下载的请求头、代理链路以及节点响应报错。

3

打开日志管理：再次回到「设置」页面，点击「管理与上传错误日志」按钮，系统会弹出日志管理窗口。

4

选中并上传日志：在列表中点击最新生成的 download_*.log 或 clash.log，确认下方预览内容后，点击底部的「📤 上传日志至云端」按钮。

5

联系技术支持：上传成功后会提示日志已保存，将您的账号用户名或任务编号告知官方微信客服群或闲鱼客服，工程师将直接在云端调取该份诊断报告针对性解决。

图：客户端「设置」页面中的下载诊断日志在线预览与一键云端上传窗口

下载 BioDownloader